在《圣女战旗》中，共有5种基础兵种，分别是线列步兵、轻步兵、重骑兵、轻骑兵和炮兵，且各兵种间有着明确的克制关系。如何善用各兵种之间的克制关系排兵布阵，高效地赢得战斗，是战棋游戏最重要的乐趣。
>线列步兵
线列步兵毫无疑问是拿破仑时代战争的主角，由于火枪精准度的限制，只有密集成排的步兵齐射才能制造有效杀伤，这一历史原因催生了采用所谓"排队枪毙"战法的兵种。《圣女战旗》中的线列步兵也延续了这种特色，当多组线列步兵相邻时将获得攻击与防御力的加成。
《圣女战旗》的主角波利娜·波拿巴就是一位线列步兵指挥官，她和那位声明显赫的兄长一样出身科西嘉岛，凭借卓越的军事天赋进入军校，年纪轻轻就经历了战火的洗礼。而在前往土伦探望哥哥时，她再次卷入了战争，也就此拉开了《圣女战旗》故事的序幕。
>轻步兵
轻步兵原本是未经严格训练，无法如线列步兵一样整齐行动的部队，但在装备有射击精度更高的线膛枪后，他们可以利用射程和精度优势，在侧袭中压制敌方的线列步兵。游戏中的轻步兵也具有这一优势，除了可以克制线列步兵之外，从侧翼或背后展开攻击将具有攻击与回避加成。
在游戏主线剧情中，情报人员出身的阿德莱德就是一名轻步兵指挥官。她曾经为皇室服务的机密组织的成员，因为从小接受相关训练的关系，擅长化妆跟踪、开锁等技能。如果想了解巴黎街头巷尾的传闻，她是个合适的咨询对象。
>轻骑兵
经常在战场侧翼出没并仰赖机动性优势的轻步兵最为忌惮的就是速度更快的轻骑兵的突击了。轻骑兵的速度优势让他们可以在我军侧翼受袭时快速支援，当然也可以对敌方侧翼或是后方展开意想不到的打击。
历史上拿破仑的左膀右臂缪拉在游戏中是一位年轻的轻骑兵指挥官。他年轻时就加入骑兵团，喜欢华丽的骠骑兵服装，作风浮夸，但在战场却能表现出货真价实的勇猛。
>重骑兵
如果说轻骑兵是善于高速奔袭的收割者，穿着重甲的重骑兵就是擅长在胶着的阵线上打开缺口的重锤。拿破仑时代的重骑兵穿着胸甲，在骑兵间的对决中有着很大优势，同时他们齐头并进的冲锋具备极强杀伤与威慑能力，表现在游戏中就是有着在移动后增加攻击力的技能效果。
在立绘中穿着骑兵胸甲的欧斯卡展现了胸甲骑兵的标准形象，这位贵族少女曾是皇家骑兵团的一员。她为了救出身陷囹圄的家人，加入国民卫队中寻找机会。
>炮兵
炮兵作为新时代的产物，在战场上可以做到远距离压制敌人，在不受反击的情况下削减敌方士兵数量。如果能够提前布置好再进行开火，更是可以制造更多杀伤。当然，炮兵也有着移动力低下，面对近距离攻击不堪一击的特点，如何在敌方环伺下保护好他们是发挥炮兵作用的关键。
罗丝·德博蒙特是第一位在游戏中登场的炮兵指挥官，她是革命前就在军中任职的贵族将领，曾征战多个战场，有着卓越的指挥能力，也受到部下的爱戴。但由于她的贵族出身，在军中受到不公的对待，不过即便如此她对祖国的忠诚也没有丝毫变化。
以上五大基础兵种在游戏中存在着互相克制关系，线列步兵的密集枪阵足以抵御重骑兵的冲击，轻步兵利用侧翼袭扰战术和武器精度优势可以杀伤步兵阵列，轻骑兵的高机动性让他们能收割防御不足的散兵队，重骑兵的胸甲足以在骑兵内战中发挥优势，而作为特殊存在的炮兵则可以在远距离压制敌人，但近距离面临任何部队时都无比脆弱。
游戏中，玩家的战略很大程度上将围绕兵种克制展开。利用线列步兵在正面战场抵挡攻击，轻步兵从侧翼或后方进行突击，轻骑兵在外围阻止敌方的侧袭部队，重骑兵长途奔袭，利用高攻击撕开战线缺口，炮兵则在保护下尽可能预先削弱所有敌人。认真思考，好好利用这一战法，就能像战争中的法军一样，横扫整片欧洲大陆。
