隐形守护者结局分两种，一种是潜伏失败死亡的结局、一种是按照剧情选择一路潜伏出现的结局。第一种死亡结局到处都是，一旦没选对利于潜伏的的选项，很快会死掉。剧情走向结局共有4个大结局，分别是：扶桑安魂曲、丧钟为谁而鸣、美丽世界、红色芳华。
隐形守护者全结局
扶桑安魂曲
在第五章的最后，玩家接受了武藤领事的建议，刺杀了浅野。之后以日本军人龟田太郎的身份返回了日本，却碰巧被纯子认出，为了不让别人发现自己的身份，自己只好杀死纯子，隐居起来，最终死在了日后美军的轰炸中。
其实我在第六章还没有出的时候是比较期待这条线的，但是看样子这并不是制作组的重心(因为只是做了一章就结束了)，但是，这个结局又何尝不是一个happy ending呢?主人公自从开始称为间谍的那一刻，射杀老师，射杀自己的小学妹，被自己的上线出卖，失去了证明自己是胡蜂的证据，可谓是身心俱疲。能够在自己的生命的最后阶段过上一年的平淡生活，最终以日本人的身份被美军炸死，我想，这既是对于主人公抛弃了祖国的惩罚，也是对于主人公经受了这么多磨难的解脱。能够逃离这个修罗场，不也是挺好的么?
丛林法则
在第五章的最后，如果主人公没有接受武藤的请求，那么武藤则会采取第二种行动--在主人公和浅野前往南京的途中刺杀浅野。在列车上，主人公成功向组织的人传递出撤退信号，自己趁乱下车后被一个叫高源的自称是"农夫"的"第二号"的下线接回了上海，自己也从此称为了他的下线。
但是，主人公却没想到自己的这个新上线的真正身份是军统特工"银狐"，他利用主人公对自己的信任，欺骗他杀死了"第二号"并让自己的搭档目睹了这一切。犯下大错的主人公只能听从"银狐"的安排，投靠了重庆的国民政府。
故事在这里又出现了两条线--美丽世界线和丧钟为谁而鸣线。
美丽世界
回到重庆的主人公在忍辱负重和贪污腐败下在短短七个月的时间里就身居高位，并在一场民众抗议中发现自己的青梅竹马方敏也在其中，但这次他没有再心慈手软，而是将方敏诬陷为女汉奸，眼睁睁地看着她被枪毙。就当最后一个知道主人公真实身份的人也死了以后，就当他以为自己的新生活就要正式开始的时候。"发掘"自己的老上司"银狐"却在自己不注意的时候毒死了自己。而"银狐"本人也死在了冷枪之下……
正如这条线的最后主人公所说的一样--你永远不知道下一秒会发生什么。自以为跳出了上海那个谍战的修罗场，即将迎来新的生活，实际上他只是跳到了重庆国民政府官僚倾轧的另一个修罗场中。
黄执中说："一个人有多值钱，就要看他的原则有多值钱。"主人公抛弃了自己的原则，抛弃了自己原来所坚信的一切，那么这个世界也必然会让他看到自己这么做的后果，以及他所认为的美丽新世界的可笑和虚幻。
丧钟为谁而鸣
(之前的剧情和美丽世界是一样的)在方敏被抓以后，主人公决心带方敏逃跑，他联系了黑帮去接应他，却不料就在快要逃跑成功的时候被自己的上司"银狐"追上，随后，主人公为了让方敏离开，自己一个人面对前来抓捕的国民党官兵，光荣战死……
在这条线中，主人公并没有一而再再而三地沉沦下去，而是在方敏出现以后因为个人感情决定重新面对过去的自己，面对过去的信念。在最后独自面对追兵的时候，主人公曾说："我来拿回我的名字了，我叫肖途!"我想，这不仅仅是因为之前他为了上位而认了一位姓郑的军统副局长为义父，更多的是他在这一刻找回了当时那个学生时代敢于反抗，敢于斗争的自己，也找回了潜伏时期那个不论受到多少创伤都坚持完成任务，忠于组织的那个自己。总之，他找回了那个叫"肖途"的自己。
接下来，便是游戏的"正线"，也是目前为止唯一一条没有完结的线--红色芳华线了。
红色芳华
在之前的那列火车上，主人公并没有趁乱下车，而是为了自己的军统"朋友"庄晓曼留了下来，两个人成功刺杀浅野以后跳车逃走，在就要被日本人追上的时候被赶来的"第二号"相救。后来主人公回到了上海，接受一个名为高源的上线领导。重新受到了武藤领事的信任，却被武藤以保护和寻找后路的理由调离了武藤公馆。不料在这时自己却被一个叫冯一贤的汉奸盯上了，为了在最后的关头发动"玉碎战"，冯一贤企图堵死武藤领事的后路，他先杀了领事的女儿武藤纯子，由用计让汉奸接管了上海黑帮，还要害死领事欣赏的年轻人，也就是主人公。
正当主人公死里逃生去联系高源的时候，高源却在这个关键时刻反水，亮出了自己军统的真实身份，主人公在阻止高源返回重庆的时候，被高源的子弹贯穿了头颅……
其实我觉得，这个故事到这里结束也挺好的……虽然我个人认为主人公当时还留在车上有点儿女情长，不过总算是没有忘记本心，无奈自己的第一任上司为了自己的儿子投靠了日本人，自己的第二任上司其实是军统的特工……
红色芳华线沿用了前面几章的风格，主人公继续在上海的各大势力中获取情报，不停地出卖，反间，背叛，让我在玩的时候越来越不清楚谁到底谁说的是真话，到底自己的敌人是谁。表面上大家都是为了利益聚在一起，可实际上大家都在为了自己的信仰和组织而勾心斗角。因为这条线还没有完结，所以也不太好评价。不过我觉得，如果能让主角在这里就结束了生命的话，也未尝不是件好事，最起码自己保住了庄晓曼，最起码自己没有亲手杀死"第二号"最起码自己死的时候还是组织的一份子……
