在第二银河中，星系与星系之间由星门相连，星系会组成星座，星座会组成星域，而最终由十个星域组合成了整个银河。
从星域星图上看，银河系中恒星系间的通路组成了一张大网，为了帮助玩家在这种复杂的网状结构中进行星际旅行而不迷路，游戏在多数玩法和系统中都内置了导航功能，用以快速建立前往目的地的航线：
在游戏中，向目的地进发的导航是自动进行的：舰载AI会自动执行跃迁、过门、进站等操作，而在这个过程中玩家可以随时通过显示在屏幕顶部的航线预览确认航线和自己当前的位置，或是点击航线预览最右侧的取消按钮停止导航。
通过星图搜索
在星域星图中搜索想要去的星系并直接建立航线是最基本的导航方式，关于如何在星域星图中寻找恒星系在星域星图自己的主题攻略中有详细的介绍，而设定导航点则是在找到恒星系后直接点击恒星系详情面板中的"前往"按钮：
通过玩法导航
游戏中所有基于真实地理的玩法一定会给玩家一个"立刻前往"按钮，点击这个按钮就能立刻建立前往任务地点的航线：
此外，因为部分任务对进入的船型有特殊要求，所以如果玩家在空间站内点击立刻前往，系统会自动引导玩家选择与任务适配的舰船；而如果玩家已经驾船在太空中，则系统会判断玩家正驾驶的舰船是否与任务适配，若不适配则会先确立回个人基地的航线，引导玩家回家换船：
通过星系链接
游戏中经常能够看到蓝色带下划线的，可点击态的恒星系名字，这些文字就是星系链接，它们可能出现在一些系统功能的界面上，也可能出现在聊天栏中：
点击星系链接时会自动打开星域星图并显示航线预览。在聊天频道中发送星系链接的方法是：首先在星域星图中找到想分享的恒星系，然后在恒星系详情面板中点击"i"按钮，最后点击"发送到聊天"按钮，即可将这个星系的链接发送到任意频道：
搬迁个人基地
除了正常通过星门的旅行外，游戏中还提供了一种名为"基地搬迁"的移动方式，但在介绍这个功能之前，首先必须讲解一下"个人基地"的概念。
在第二银河中，每个玩家都会存在一个"个人基地"，玩家名下所有的物资都保存在个人基地中，且游戏中绝大部分和养成有关的系统功能都只能在个人基地中访问。换句话说，个人基地就像是玩家在银河中的"家"，而玩家主要就会围绕在自己的家附近活动。
个人基地在宇宙中的位置并非是固定的，如果玩家希望，个人基地的位置随时都可以更改，且搬迁个人基地的过程是由系统代为完成，而不用玩家自己驾驶舰船来来回回搬运自己的物资。
要搬迁个人基地，首先依旧是在星域星图中找到想要迁往的目的地，然后在恒星系详情面板中点击"搬迁至该恒星系"按钮：
搬迁个人基地需要一定的准备时间，准备时间的长短视目的地的远近而定。在准备期间玩家可以在当前基地所在的空间站内确认准备的剩余时间或对搬迁进行加速。当准备完成后，玩家可以通过确认搬迁的操作，与被搬迁的个人基地一起瞬间抵达目的地：
总结：
为了方便玩家快速找到前往目的地的航线游戏提供了多种导航功能，包括：在星域星图中搜索星系设定航线、通过玩法的快捷按钮立刻前往、通过功能界面和聊天栏里的星系链接预览航线及通过个人基地搬迁立刻抵达目的地。
当导航开始后系统会自动驾驶舰船前往目的地，这个过程可以随时点击屏幕顶部航线预览最右侧的取消按钮停止。
